Una interesante aplicación para leer códigos QR con tu windows mobile es i-nigma de 3GVision. Es una aplicación gratuita, que no requiere ni registrarte para descargarte el software.
Funciona con bastantes modelos de pda’s (WM5/6), nokias e incluso con iphone. Yo lo he probado con mi HTC Diamond2 y va de maravilla.
La página para descargarte el software es: http://www.i-nigma.mobi (desde el navegador de tu móvil).
También disponen de un sencillo software online para generar códigos QR en http://www.i-nigma.com/CreateBarcodes.html
Desde el punto de vista del programador, una librería muy interesante para utilizar en nuestros proyectos .NET, la encontraremos en CodeProject (http://www.codeproject.com/KB/cs/qrcode.aspx)
Espero que os resulte interesante.